Nagu kõikidele eostaimedele omane, valmivad ka kolmissõnajalal paljunemiseks eosed. Need küpsevad eospeades lehe alaküljel juulist kuni septembrini. Eosed on tolmpeened, pruunikad ja neerukujulised. Tuule abil võivad need emastaimest väga kaugele lennata. Kui uus koht on kasvuks sobiv, siis imeb eos endasse vett ja idaneb. Peagi kasvab temast roheline leheke – eelleht. See toitub nagu suur taim, aga ei kasva kuigi suureks. Eellehe alumisel pinnal arenevad taime suguliseks paljunemiseks vajalikud pisikesed organid. Neist ühed valmistavad isassugurakke, teised aga emassugurakke. Valminuna isassugurakud vabanevad, liiguvad munarakkudeni ja viljastavad need. Viljastunud munarakust kasvab uus väike kolmissõnajalg. Peagi ilmub maapinnale esimene väike leht. Kui taim on õnnelikult täiskasvanuks saanud, hakkab ta vegetatiivselt risoomi abil paljunema. Suured kolmissõnajala kogumikud on just mittesugulise paljunemise tagajärg.

Harilik kolmissõnajalg ei ole Eesti ainuke kolmissõnajala liik. Paepragudes kasvab veel teinegi: paas-kolmissõnajalg. Kui hariliku kolmisõnajala liitleht koosneb kolmest enam-vähem võrdse suurusega lehekesest, siis paas-kolmissõnajalal on tipmine leheke külgmistest tunduvalt suurem. Teiste tunnuste poolest on nad üsna sarnased. Paas-kolmissõnajalg on erinevalt harilikust üsna haruldane ja seetõttu kaitsealune liik (III kategooria).