Juur.
Paljasseemnetaimedel on enamasti segajuurestik, mis koosneb peajuurest, külgjuurtest ja lisajuurtest. Juurestiku kuju ja suurus sõltub taime kasvukeskkonnast.

Paljudel okaspuudel on mükoriisa – seeneniidistiku ja juurekoe põimikud. Okaspuude mükoriisa moodustavad tavaliselt kübarseened (puravikud, riisikad jne.). Seetõttu võibki kuuse- ja männiriisikaid kohata enamasti kuuskede ning mändide naabruses. Mükoriisaga juurtel puuduvad juurekarvad, kuna nende ülesandeid täidavad seeneniidid. Seene vahendusel võtab taim mullast vett ja mineraalaineid. Seenele annab taim vastu orgaanilisi aineid.

Vars.
Võsu noort ja puitumata osa nimetatakse võrseks. Okaspuudel eristatakse pikk- ja lühivõrseid. Pikkvõrsed on kaetud okastega ja nende kasv on piiramatu. Tänu sellele taim kasvabki. Lühivõrsed kinnituvad pikkvõrsetele, nad on lühikesed ja piiratud kasvuga. Okkad kinnituvad kimbuna või üksikult lühivõrsete tippu.

Okaspuude tugevasti puitunud vart nimetatakse tüveks. Selle keskosas on väike säsiosa, mille moodustavad õhukeseseinalised põhikoerakud. Säsist väljapoole jääb ulatuslik puiduosa ehk ksüleem. Puit koosneb põhiliselt trahheiididest, mille kaudu toimub ainete pikisuunaline liikumine taimes. Trahheiidid paiknevad aastaringidena, kuna kevadel moodustunud trahheiidid on suure ja suvel-sügisel väikese läbimõõduga. Säsist lähtuvad läbi puiduosa kulgevad säsikiired. Nende kaudu toimub ainete  horisontaalsuunaline liikumine. Puiduosa ümbritseb kambiumikiht. Kambiumirakkude paljunemisega kaasneb tüve jämeduskasv. Tüve katab väljastpoolt koor. Koore moodustavad õhuke niineosa ehk floeem, peritsükkel ja kork. Niineosas on üksnes sõeltorud ilma saaterakkudeta. Koores, puidus ja ka okastes on enamasti palju vaigukäike. Need sisaldavad erinevaid vaike, eeterlikke õlisid ja teisi aineid. Tüve alumise osa peritsüklist arenevad lisajuured. Paksenenud rakukestadega korkkoe rakud paiknevad tihedalt üksteise kõrval. Tüve rakkude gaasivahetuseks moodustuvad korkkoesse lõved. Aastate jooksul (männil alates 8. aastast) korkkoerakud järjest surevad ja neist kujuneb tüve ümbritsev korp.

Leht.
Okaspuude lehed on väikesed, ilma rootsuta nõeljad või soomusjad okkad. Okkaid katab tugevalt paksenenud rakukestadega kattekude (epiderm), milles paiknevad ridadena õhulõhed. Selle all on tugi- ja põhikoerakud, mis takistavad liigset vee aurumist. Suurema osa okkast täidab põhikude. Taimedel, kelle okkad paiknevad enam-vähem spiraalselt ümber oksa (näiteks harilik mänd), pole põhikude sammas- ja kobekoeks eristunud. Põhikoes asuvad vaigukäigud. Okka keskel on kesksilinder. Selles asuvad 2 juhtkimpu. Neis toimub vee ja selles lahustunud ainete liikumine. Juhtkimbu puiduosa on orienteeritud okka ülemise pinna suunas ja niineosa jääb alumise pinna poole.

Käbi.
Käbid on ühesugulised. Väikesed isaskäbid kasvavad sageli kogumikena. Isaskäbide käbisoomuste alaküljel paiknevad tolmukotid, milles valmivad tolmuterad. Tolmuterad on õhupõitega, mis aitavad neil tuulega levida. Seemned valmivad suhteliselt suurte emaskäbide soomuste vahel. Emaskäbi koosneb seemnesoomustest, mille ülapinnal on seemnealgmed. Neid kaitsevad kattesoomused, mis osal liikidest taandarenevad. Seemnealgmes on munarakk, millest pärast viljastumist areneb seeme. Sobivates tingimustes kasvab seemnest uus taim.

Osa paljasseemnetaimede emaskäbisid (marikäbid) on valminult kerajad ja marjataolised. Nende soomused on lihakad, värvuselt mustad või punakad (harilik kadakas). Jugapuul puuduvad aga emaskäbid hoopis. Seemnealgme alusel areneb teda ümbritsev kausikujuline seemnerüü ehk arill. Seemnerüü muutub seemne valmides punaseks. Kui jugapuu seemned on väga mürgised, siis seemnerüü on söödav ja mitmed linnuliigid toituvad sellest.